变电站作为电力系统中的重要枢纽，其自动化系统的正常运行对电力供应的稳定性至关重要，自动化系统能够实时监控电网的运行状态，并对故障做出快速反应。为保障变电站自动化系统的安全可靠运行，本次研究主要是结合自动化系统的结构，对其常见故障问题进行分析，并提出合理的处理措施，全面提高自动化系统的可靠性。研究表明：变电站自动化系统的结构可以分为分布式系统、集中式系统以及分层式系统等三种类型，在自动化系统运行的过程中，易出现通信网络故障、数据采集故障以及误报警故障，因此需要从完善硬件设备管理制度、定期开展维护工作以及实施排除法等角度出发，采取合理的措施降低故障问题出现的概率，并在故障问题出现以后快速处理，防止自动化系统故障对变电站的运行产生影响。