以“科教兴国”为战略主线，中国近年来连续发布了“破五唯”教育改革方针及绩效管理相关文件。文章利用DEA-Malmquist研究方法，以广西Y高等学校为例，对高校二级学院的科研绩效进行评价。研究发现：广西Y高等学校的投入产出效率总体上呈现出逐年提升的趋势，社会科学研究波动较大，自然科学研究在整个时间段都表现较稳定。Y高等学校投入冗余集中在科研实际支出中，产出不足主要集中在著作数量与专利、软著数量，技术进步是绩效提高的主要来源。