组蛋白修饰会引起染色质可及性变化,从而调节基因转录。然而,人们对组蛋白修饰引起的基因表达变化与病毒感染之间的关系知之甚少。在本研究中,我们通过CUT&Tag-seq和RNA-seq检测了BmCPV病毒感染48小时和96小时的家蚕中肠(CPV48和CPV96),以及同一阶段未感染家蚕的中肠(GUT48和GUT96)。我们发现,H3K9me3、H3K9ac水平和全基因组水平的基因表达谱随BmCPV感染进程而变化。CUT&Tag-seq结果显示,H3K9me3差异峰对应的基因主要富集在MAPK、Wnt和Hippo信号通路;H3K9ac差异峰对应的基因主要富集在Hippo信号传导、细胞凋亡和柠檬酸盐循环通路。RNA-seq结果显示,差异表达基因主要富集于碳代谢、内质网蛋白质加工、糖酵解/糖异生和氧化磷酸化通路。H3K9me3/H3K9ac峰与基因表达之间的整合分析结果显示,基因表达水平的变化与基因启动子处的H3K9me3/H3K9ac水平变化相关,而基因表达与基因体(gene body)相应的H3K9me3信号负相关,并且与转录起始位点处相应的H3K9ac信号正相关。基于同一基因的CUT&Tag-seq信号峰和RNA-seq中FPKM值差异比较,我们筛选出一些转录水平由H3K9me3/H3K9ac调控的候选基因。其中,可能由H3K9me3调控的关联基因会参与昆虫激素生物合成、MAPK信号传导、氧化磷酸化和TGF-β信号传导通路中,可能由H3K9ac调控的关联基因会参与糖酵解/糖异生、丙酮酸代谢、TGF-β信号传导、昆虫激素合成、线粒体自噬、甘氨酸、丝氨酸等氨基酸代谢通路中。这些结果表明,BmCPV感染家蚕会引起H3K9me3/H3K9ac修饰变化,从而在全基因水平上调控基因转录。该结果为BmCPV感染如何调节宿主的基因表达提供了新的线索。