目的探讨传统中药材桑白皮和构树根皮药效差异,解析桑白皮与构树根皮中代谢物的差异。方法试验采用超高效液相色谱串联质谱(UPLC-MS/MS)技术进行广泛靶向代谢组学分析,采用正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)筛选差异代谢物。结果共鉴定到575个代谢物,检测数据和主成分分析(PCA)显示,桑树品种之间的共有代谢物数量明显多于桑树与构树间的共有代谢物数量,桑白皮与构树根皮间的代谢物组成差异较大。共筛选出差异显著代谢物489个,这些代谢物在桑树与构树间的差异大于桑树品种间的差异,其主要的差异成分为酚酸类和黄酮类物质。通过设置筛选标准,最终发现有73种关键物质在桑树和构树间差异明显,其中2种物质(香草酰咖啡酰酒石酸和1-O-水杨酰-β-D-葡萄糖)为桑白皮特有成分。以构树根皮为对照,73种关键代谢物在两个桑树品种(冀桑3号和丰驰桑)中均呈现相同的表达趋势,41种代谢物上调表达,32种代谢物下调表达。进一步分析发现,桑树与构树差异代谢物的主要区别在于桑树酚酸类物质多呈现下调表达趋势,而黄酮类、鞣质类、萜类、木脂素和香豆素类以及生物碱类物质则以上调表达为主。通过对差异代谢物进行注释分析,发现桑白皮的功能性成分种类多样,主要以黄酮类为主,其他类、酚酸类、木脂素与香豆素类、生物碱类、萜类和16鞣质类物质均有展现;而构树根皮则主要是酚酸类和黄酮类。因此,功能性成分的偏好可能是桑白皮与构树根皮药效差异的主要原因。